Francis Bacon naît le 28 octobre 1909 dans une clinique de Dublin au 63 Lower Baggott Street. Son père, Anthony Edward (« Eddy ») Mortimer Bacon, est un capitaine de l’infanterie légère de Durham ayant terminé sa carrière dans l’armée avec le rang de commandant honoraire, et qui a ensuite démarré une nouvelle carrière en tant qu’entraîneur de chevaux. Sa mère, Christina Winifred Loxley Bacon (née Firth), est l’héritière d’une fortune provenant de la société sidérurgique de sa famille.

Tous deux anglais, les parents de Bacon vivent à « Cannycourt », une maison près de Kilcullen, dans le comté de Kildare (Irlande) afin de profiter des centres équestres de la région et de la proximité de l’hippodrome de Curragh. La maison familiale est dirigée par Eddy Bacon sur un modèle militaire. Francis, asthmatique, est allergique aux chiens et aux chevaux, ce qui est perçu comme une faiblesse par son père. Très tôt dans sa vie, l’homosexualité émergente de Bacon dégrade ses rapports avec sa famille. Il dira plus tard que son initiation sexuelle s’est faite avec des garçons d’écurie.

En 1915, un an après le début de la Première Guerre mondiale, la famille Bacon retourne vivre à Londres, au 6 Westbourne Crescent, où Eddy travaille pour l’armée de réserve britannique. En 1918, ils emménagent dans la maison de la grand-mère de Bacon, « Farmleigh », près d’Abbeyleix, dans le comté de Laois, en Irlande. Le jeune Francis apprécie énormément la compagnie de sa grand-mère. Il aimait particulièrement sa maison, avec ses magnifiques pièces arrondies, qui sont d’après l’artiste à l’origine de tant d’arrière-plans incurvés dans ses compositions picturales. Par la suite, la famille fera de nombreux allers-retours entre l’Irlande et l’Angleterre.